Adicionalmente a los recursos del río San Gabán, la empresa cuenta con los recursos hídricos de cinco lagunas (Macusani: Chungará, Parinajota, Chaumicocha, Isococha y en Corani: Suytococha) en las que se represa agua en épocas de avenida para ser utilizada en la generación de energía en épocas de estiaje. La capacidad total de embalse es de 37,46 millones de metros cúbicos (MMC).

El llenado de las lagunas se realiza desde el mes de noviembre hasta mayo. Los Volúmenes almacenados máximos se pueden ver en la tabla inferior.

La descarga de las lagunas se realiza entre los meses de junio y octubre (estiaje). Generalmente, en el mes de octubre del cada año, el volumen almacenado remanente llega a 0 MMC.

En el año 2005 se ha presentado el mayor estiaje desde la puesta en servicio de la Central (2000), lo que se ha visto reflejado tanto en el limitado volumen de agua embalsada en las lagunas, como en los caudales registrados en el río San Gabán.

Con la finalidad de mejorar la disponibilidad de recursos hídricos se hacen trabajos en pequeñas lagunas de la cuenca del Río Corani.